現状のShopifyのサブスクAPIの仕様では、一度必ずShopifyのチェックアウト(最終画面)を通さないとサブスクリプション登録を行うことはできかねます。
そのため、オフライン注文(手動注文)を実施することは出来かねる形でございます。
今後はShopify管理画面でのオフライン注文(電話注文)などはリリースがされるとShopifyからも情報が出ておりますが、具体的なリリース予定日などはアプリ開発側にも連絡はきていない状況でございます。
何卒ご了承いただけますと幸いです。